W serii judykatów wykluczono udział w tym postępowaniu korporacji farmaceutów na zasadzie współdziałania. Są to rozstrzygnięcia całkowicie trafne i uzasadnione. Przywrócenie stanu zgodnego z zasadami postępowania administracyjnego rodziło się jednak w długich bólach.
Zasadą postępowania administracyjnego jest rozstrzyganie sprawy przez jeden organ administracji. Istnieją jednak problemy bardziej złożone, których skutki społeczno-gospodarcze wykraczają poza kwalifikacje i kompetencje pojedynczej instytucji. Dla tego typu spraw art. 106 k.p.a. przewiduje tryb współdziałania. Wedle par. 1 tego przepisu: „Jeżeli przepis prawa uzależnia wydanie decyzji od zajęcia stanowiska przez inny organ (wyrażenia opinii lub zgody albo wyrażenia stanowiska w innej formie), decyzję wydaje się po zajęciu stanowiska przez ten organ”.
Już jednokrotna lektura art. 106 k.p.a. zdradza jego naturę: przepis ten ma charakter proceduralny, odsyłający do norm prawa materialnego. Warunkiem aktywacji trybu współdziałania jest istnienie normy uzależniającej wydanie decyzji od zajęcia stanowiska przez inny organ. Orzecznictwo doprecyzowało, że obowiązek współdziałania musi być wyrażony jednoznacznie i wyraźnie. Przykładowo Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 6 października 2005 r. (sygn. akt OSK 734/04) wskazał, iż „tryb współdziałania organów musi wynikać z przepisu prawa materialnego, uzależniającego wydanie decyzji merytorycznej od zajęcia stanowiska przez organ współdziałający w drodze postanowienia”.
Pogląd powyższy, jakkolwiek mógłby wydawać się oczywisty, przez długie lata nie ugruntował się w sprawach z udziałem organów samorządu aptekarskiego. Wojewódzcy inspektorzy farmaceutyczni konsekwentnie zwracali się do okręgowych rad aptekarskich o opinię w trybie art. 106 k.p.a. za każdym razem, gdy zamierzali udzielić lub cofnąć zezwolenie na prowadzenie apteki bądź hurtowni. Zadziałała siła przyzwyczajenia, w połączeniu z niechlujną legislacją.
Ustawa o środkach farmaceutycznych obowiązująca w latach 1991–2002 rzeczywiście stanowiła, że „udzielenie lub cofnięcie koncesji na prowadzenie apteki lub hurtowni farmaceutycznej wymaga zasięgnięcia opinii samorządu aptekarskiego” (art. 33 ust. 5). Z przepisem tym korelował art. 29 ust. 5 ustawy o izbach aptekarskich, który – wśród przykładów kierowniczych działań okręgowej rady aptekarskiej – wymieniał m.in. „wydawanie opinii w sprawach udzielania lub cofania koncesji na prowadzenie aptek lub hurtowni”.
Prawo farmaceutyczne (t.j. Dz.U. z 2008 r. nr 45, poz. 271 ze zm.), które weszło w życie w roku 2002, nie zawierało już odpowiednika dawnego art. 33 ust. 5. Ustawodawca w sposób wyraźny odstąpił więc od wymogu zasięgnięcia opinii korporacji aptekarskiej. Zapomniano jednak o usunięciu powiązanego przepisu z ustawy korporacyjnej. W rezultacie wszystko zostało po staremu: samorząd aptekarski nadal występował jako organ współdziałający. Protesty właścicieli aptek i hurtowni pozostawały bez echa, a ich skargi do sądów administracyjnych były oddalane.
Pierwszym sądem, który dostrzegł istotę problemu, był skład orzekający w Wojewódzkim Sądzie Administracyjnym w Warszawie (wyrok z 15 kwietnia 2014 r. sygn. akt VI SA/Wa 2701/13). Stwierdził w nim: „Wbrew stanowisku strony skarżącej ani przepisy ustawy – Prawo farmaceutyczne, ani przepisy ustawy o izbach aptekarskich nie przewidują obowiązku organu zasięgnięcia opinii samorządu aptekarskiego w przypadku postępowania o cofnięcie zezwolenia na prowadzenie hurtowni farmaceutycznej. Przepis prawa materialnego musi taki obowiązek na konkretny podmiot nakładać wprost, przy czym – co nie budzi wątpliwości w doktrynie – obowiązku danego organu administracji państwowej nie można domniemywać. Taki obowiązek albo istnieje, albo nie istnieje i w tym względzie winien wynikać wprost z przepisu”. Wyrok ten zapoczątkował serię około dwudziestu judykatów, w których zakwestionowano kompetencję organów samorządu aptekarskiego do współdziałania w trybie art. 106 k.p.a. w sprawach o wydanie lub cofnięcie zezwolenia na prowadzenie apteki bądź hurtowni farmaceutycznej.
Co więcej, najnowsze orzecznictwo wypowiedziało się na temat sankcji na wypadek wydania postanowienia w trybie art. 106 k.p.a. przez organy samorządu. Przykładowo w wyroku z 24 maja 2016 r. (sygn. akt VI SA/Wa 2649/15) WSA w Warszawie przyjął, że opinia rady aptekarskiej w przedmiocie zezwolenia na prowadzenie apteki wydana w trybie art. 106 k.p.a. jest nieważna jako wydana bez podstawy prawnej.
Dotychczasowe wyroki sądowe mierzyły się tylko z postępowaniem w sprawie cofnięcia takiego zezwolenia. Sytuacja prawna jest jednak identyczna, gdy chodzi o udział korporacji aptekarzy w postępowaniu o jego udzielenie. Dotyczy to zarówno aptek, jak i hurtowni farmaceutycznych. Należy więc oczekiwać, że opisana linia orzecznicza zostanie rozciągnięta na przypadki udziału organów samorządu aptekarskiego na zasadzie art. 106 k.p.a. także w tego rodzaju postępowaniach.