Różnice zaczynają się w kwestiach podatkowych i limitów wpłat. W przypadku IKE limit ten ustalany jest każdego roku w drodze rozporządzenia ministra pracy i polityki społecznej i nie może przekroczyć trzykrotności przeciętnego prognozowanego wynagrodzenia miesięcznego w gospodarce narodowej na dany rok. W 2011 r. jest to ponad 10 tys. zł.

Wpłaty na IKZE w ciągu roku nie mogą przekroczyć kwoty odpowiadającej równowartości 4 proc. podstawy wymiaru składki na ubezpieczenie emerytalne. Dla pracowników ta podstawa to najczęściej ich pensja brutto, zaś dla osoby na urlopie wychowawczym jest to płaca minimalna. Z kolei dla osób prowadzących pozarolniczą działalność gospodarczą to co najmniej 60 proc. średniej pensji lub dla tych, którzy korzystają z dwuletniej ulgi w składkach na ZUS – 30 proc. minimalnej płacy.

Będzie jednak roczne ograniczenie wysokości wpłat na IKZE. Nie mogą one przekroczyć 4 proc. kwoty ograniczenia rocznej podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe. Powyżej tej kwoty nie są odprowadzane składki do ZUS i OFE. Odpowiada ona 30 średnim pensjom rocznie. W tym roku jest to 100 770 zł. Oszczędzający będzie więc mógł wpłacać na konto 4 proc. swojej pensji, ale nie więcej niż kwotę ustaloną co roku jako 4 proc. od limitu, czyli 4 proc. od 100 770 zł.

Wpłat na IKE nie można odpisać ani od dochodu, ani od podatku. Korzystniej jest przy IKZE. Osoba oszczędzająca na IKZE będzie mogła odpisać w rocznym rozliczeniu podatkowym wpłacone kwoty od dochodu.

Wypłata środków zgromadzonych na IKE jest nieopodatkowana, pod warunkiem że nastąpi po osiągnięciu przez oszczędzającego 60 lat lub 55 lat, jeśli ma on ustalone prawo do emerytury. Wypłata w przypadku IKZE jest opodatkowana podatkiem PIT zarówno wtedy, gdy nastąpi przed osiągnięciem przez oszczędzającego 65 lat, jak i wtedy, gdy będzie to wcześniej. Opodatkowaniu PIT będzie podlegało także przekazanie pieniędzy zgromadzonych przez oszczędzającego na wypadek jego śmierci na rzecz osoby uprawnionej.

Oszczędności zgromadzone na obydwu rodzajach kont nie podlegają podatkowi od zysków kapitałowych.

Od 1 stycznia do 31 grudnia 2012 r. możliwe będzie przeniesienie środków z IKE do IKZE. Nadwyżka tej wpłaty ponad dopuszczalny limit przypadający w danym roku podatkowym będzie odliczana w kolejnych latach. W czasie odliczeń od dochodu środków przeniesionych z IKE do IKZE oszczędzającemu nie przysługuje prawo do zasilania konta.