Projekt ustawy zakłada, że obecny system wydawania zgód na zamknięte użycie GMO zastąpiony zostanie systemem, w którym wydawane będą "zezwolenia na prowadzenie zakładu inżynierii genetycznej oraz zgody na zamknięte użycie mikroorganizmów i organizmów genetycznie zmodyfikowanych". Warunkiem wydania zgody będzie spełnienie wymogów bezpieczeństwa, dotyczących m.in. kwalifikacji osób pracujących z GMO, czy sposobu postępowania z odpadami.
Podczas prac nad projektem w komisji ochrony środowiska, zasobów naturalnych i leśnictwa posłowie przyjęli m.in. poprawkę precyzującą definicję "awarii", uznając ją za każde niezamierzone uwolnienie mikroorganizmu genetycznie zmodyfikowanego do środowiska, które może stanowić zagrożenie dla zdrowia ludzi lub środowiska.
Wprowadzili też poprawkę mówiącą wyraźnie, że każde wprowadzenie GMO do środowiska jest "zamierzonym uwolnieniem GMO do środowiska".
Projekt pilotuje Ministerstwo Środowiska, ale jeszcze na etapie uzgodnień rządowych w pracach nad projektem uczestniczył m.in. resort rolnictwa. We wrześniu na posiedzeniu komisji podsekretarz stanu w ministerstwie rolnictwa Tadeusz Nalewajk zwrócił uwagę, że w trakcie późniejszych prac - już bez udziału jego resortu - wprowadzono poprawki, które "w dość istotny sposób zmieniają cały projekt".
Resort rolnictwa zgłosił wówczas sprzeciw wobec poselskich poprawek dotyczących wprowadzenia przepisów regulujących kwestie lokalizacji upraw GMO, powiadomienia właściwych władz o uprawach GMO oraz ustanowienia publicznego rejestru upraw GMO. Według resortu rolnictwa przepisy, o których mowa, wykraczały poza zakres przedłożenia rządowego i w związku z tym nie były konsultowane w ramach konsultacji międzyresortowych. Przepisy te zostały ostatecznie usunięte przez posłów z projektu na posiedzeniu komisji ochrony środowiska 5 listopada.
Projekt wywołał wiele sprzeciwów już na etapie konsultacji społecznych. Naukowcy ocenili, że nowelizacja ograniczy postęp badań, według ekologów i stowarzyszeń rolników niechętnych GMO zmiany są groźne dla środowiska.
W czasie posiedzeń komisji ochrony środowiska posłowie opozycji alarmowali m.in., że pod pozorem prac nad ustawą prowadzi się w Polsce próby wprowadzenia GMO. Według Dariusza Bąka z PiS w pierwszym czytaniu projektu, jeszcze przed głosowaniem, rząd zapewniał, że projekt "dotyczy kwestii niezwiązanych z uprawami, w związku z tym pozostaje to w wyłącznej kompetencji ministra środowiska". "Dzisiaj dochodzi do sytuacji, w której ważny resort, resort rolnictwa, co innego uzgadniał, a co innego wyszło. To całkiem inny projekt ustawy" - podkreślał.