Ministerstwo uważa, że zapowiadana kara jest zbyt wysoka. W komunikacie resort argumentuje, że program realizowano zgodnie z przepisami - na podstawie rozporządzeń Rady Ministrów i ministra rolnictwa z lat 2004-2005. Środki wypłacano do ubiegłego roku z unijnego budżetu 2007-2013, ale jako zobowiązanie z lat 2004-2006.
Bruksela ukarała łącznie 14 krajów członkowskich. Polska otrzymała drugą co do wielkości karę - po Grecji.