Wartość kosztów kwalifikowanych inwestycji i liczba planowanych do utworzenia miejsc pracy determinuje wybór działania, w ramach którego ubiegamy się o wsparcie. Dla inwestycji o wartości kosztów kwalifikowanych pomiędzy 8 a 160 mln zł przewidziano wsparcie z Działania 4.4 PO IG, natomiast inwestycje o wartości kosztów kwalifikowanych przekraczającej 160 mln zł i równocześnie kreujące co najmniej 200 nowych miejsc pracy mogą otrzymać refundację w ramach Działania 4.5 PO IG.

Wartość kosztów kwalifikowanych jest też kluczowa z punktu widzenia obliczenia wysokości wsparcia. Stanowi podstawę do wyliczenia potencjalnej dotacji.

Wydatek musi być niezbędny do realizacji inwestycji, przyczyniać się do realizacji celu przedsięwzięcia i być ekonomicznie uzasadniony. Koszt musi być poniesiony w okresie realizacji inwestycji, przy czy nie może być uznany za kwalifikowany żaden wydatek poniesiony przed dniem uzyskania potwierdzenia, że projekt z zastrzeżeniem szczegółowej weryfikacji kwalifikuje się do uzyskania pomocy. W rozporządzeniach właściwych dla danego działania znajduje się wykaz kategorii kosztów, jakie mogą być przedstawione do refundacji. W katalogu wydatków kwalifikowanych znajdują się wydatki związane z nabyciem gruntu, nieruchomości zabudowanej, zakupem lub wytworzeniem środków trwałych (budynków, budowli, urządzeń, infrastruktury technicznej z montażem), czy też nabyciem wartości niematerialnych i prawnych.

Wprowadzone zostały limity uwzględniania niektórych kategorii wydatków w kosztach kwalifikowanych (na przykład w przypadku zakupu gruntu możemy zakwalifikować wartość nie wyższą niż 10 proc. całkowitych kosztów kwalifikowanych). Z katalogu wydatków kwalifikowanych zostały wykluczone niektóre kategorie kosztów. Tak więc przedsiębiorca nie uzyska dofinansowania m.in. do podatku VAT, jeżeli ma prawo do jego zwrotu lub odliczenia. Ponadto, w przypadku dużych przedsiębiorców, wydatki na nabycie używanych środków trwałych nie stanowią podstawy do refundacji.

Każdy przedsiębiorca ubieganie się o wsparcie inwestycyjne powinien rozpocząć od obliczenia wartości kosztów oraz określenia ich niezbędności w planowanym projekcie. Szersze informacje o kwalifikowalności wydatków można znaleźć m.in. na stronach internetowych PARP oraz Ministerstwa Gospodarki.