Z końcem 2008 roku weszło w życie nowe rozporządzenie określające zasady udzielania pomocy publicznej przedsiębiorcom działającym w ramach specjalnych stref ekonomicznych, wydane na podstawie znowelizowanej ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych. Rozporządzenie to zbiera w ramach jednego aktu prawnego przepisy, które były do tej pory powtórzone w każdym z 14 rozporządzeń strefowych, oraz wprowadza wiele drobnych zmian w zakresie ich funkcjonowania.

Zmiany zasadniczo obowiązują jedynie przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie na prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej po ich wejściu w życie, jednak mogą też zainteresować przedsiębiorców działających już w ramach specjalnych stref, gdyż część z nich stanowi usankcjonowanie dotychczasowej praktyki.

Zakres działalności

Przede wszystkim zmodyfikowano zakres działalności gospodarczych, które mogą być prowadzone w ramach zezwolenia strefowego. Na przykład w chwili obecnej możliwe jest ubieganie się o zezwolenie na prowadzenie działalności w zakresie produkcji spirytusu do produkcji biokomponentów oraz szeroko pojętej działalności badawczo-rozwojowej, która do tej pory była ograniczona wyłącznie do nauk przyrodniczych i technicznych.

Koszty pracy

Nowe rozporządzenie zmienia sposób liczenia kosztów pracy. Dotychczas możliwe było zaliczenie do nich jedynie obowiązkowych składek na ubezpieczenie społeczne. Obecnie można uznać, że koszty pracy mogą zostać podwyższone również o inne obowiązkowe składki. Ponadto rozwiano wątpliwości, od kiedy należy liczyć okres obowiązkowego utrzymania miejsc pracy powstałych w wyniku nowej inwestycji, stwierdzając, że okres ten rozpoczyna się w momencie ich utworzenia.

Trwałość projektu

Na pochwałę zasługuje zmiana brzmienia przepisu dotyczącego trwałości projektu. Dotychczasowe brzmienie tego przepisu stwarzało podstawy do twierdzenia, że konieczne jest utrzymanie własności wszystkich środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych nabytych w ramach inwestycji przez trzy lata w przypadku MSP i pięć lat w przypadku dużych przedsiębiorców. Powyższa interpretacja była absurdalna w odniesieniu do środków trwałych, które podlegają szybkiemu postępowi technologicznemu. Na przykład komputery po trzech latach stają się bezużyteczne. Od pewnego czasu organy skarbowe przyjmowały już bardziej liberalne stanowisko, które jednak było sprzeczne z literalnym brzmieniem przepisu.

W nowym rozporządzeniu zapisano, że nie wyklucza się wymiany przestarzałych instalacji lub sprzętu w związku z szybkim rozwojem technologicznym. Mogłoby się wydawać, że zmiana przepisów w tym zakresie ma na celu usunięcie regulacji nieprzystających do rzeczywistości gospodarczej i usankcjonowanie dotychczasowej praktyki wynikającej ze zdroworozsądkowego podejścia inwestorów i organów podatkowych. Jednakże z uzasadnienia do projektu wynika, że zmiana ta miała na celu dostosowanie polskich przepisów do zmienionych w sierpniu 2008 r. regulacji unijnych w zakresie pomocy publicznej. Co ciekawe, nie zauważono, że przepis o szybkim postępie technologicznym znajdował się w regulacjach unijnych od końca 2006 roku, a co więcej, jako przepis rozporządzenia KE obowiązywał przez cały ten okres bezpośrednio również w Polsce.

Równolegle jednak zaostrzono drugie kryterium trwałości projektu przez zastąpienie obowiązku prowadzenia działalności gospodarczej przez określony czas wymogiem utrzymania inwestycji w regionie, w którym udzielono pomocy.

Wydatki kwalifikowane

Kolejna zmiana wydaje się kosmetyczna i polega na zmianie struktury par. 6 określającego kategorie wydatków kwalifikowanych. Ma ona jednak określone konsekwencje. W przypadku dużych przedsiębiorstw wartość nakładów na nabycie wartości niematerialnych i prawnych, które mogą zostać zaliczone do kosztów kwalifikowanych, nie może przekroczyć 50 proc. wydatków określonych w par. 6 ust. 1. Nowe rozporządzenie zawiera w tym ustępie również koszty związane z najmem i dzierżawą gruntów, budynków i budowli oraz innych środków trwałych, które dotychczas były określone w ust. 2. W rezultacie przedsiębiorcy będą mieli prawo wliczenia do kosztów kwalifikowanych wyższych wydatków na nabycie wartości niematerialnych i prawnych, a w efekcie do korzystania z większej wartości pomocy publicznej z tego tytułu.

Z nowego rozporządzenia nie wynika jednoznacznie, kogo obowiązuje opisana zmiana w zakresie kosztów kwalifikowanych. Na początku nowego rozporządzenia wskazano bowiem jego zakres jako określający m.in. koszty inwestycji uwzględniane przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie po 31 grudnia 2000 r. To oznaczałoby, że zmiana w zakresie sposobu kalkulacji wydatków kwalifikowanych na nabycie wartości niematerialnych i prawnych dotyczy nie tylko inwestorów, którzy uzyskali zezwolenie po dniu wejścia w życie nowego rozporządzenia, lecz także tych, którzy uzyskali zezwolenie, począwszy od 2001 roku.

Niezależnie od powyższych zmian wydłużono okres działalności stref do końca 2020 roku. Z tej zmiany będą jednak mogli skorzystać tylko przedsiębiorcy, którym zezwolenie będzie wydane od 2009 roku.