W ocenie Najwyższej Izby Kontroli, Minister Infrastruktury i Rozwoju oraz zarządy województw podjęli skuteczne działania w celu przygotowania Polski do wykorzystania środków z nowego budżetu Unii Europejskiej. Minister należycie zaplanował, zorganizował, koordynował i realizował proces przygotowań do wykorzystania środków z funduszy strukturalnych oraz Funduszu Spójności. Zdaniem NIK-u, podjęte działania umożliwiły przygotowanie i przekazanie do Komisji Europejskiej projektu umowy partnerstwa oraz projektów krajowych i regionalnych programów operacyjnych.
Działania związane z opracowaniem projektu umowy partnerstwa były skuteczne i doprowadziły do przedłożenia dokumentu Komisji w obowiązującym terminie. Zarządy województw opracowały i przekazały zaś do Komisji Europejskiej projekty regionalnych programów operacyjnych.
NIK uważa jednak, że należy zapewnić rozdzielenie funkcji zarządzania i certyfikacji w ramach Instytucji Zarządzających programami operacyjnymi. Realizacja zadań dotyczących poświadczania poniesionych wydatków powinna być instytucjonalnie i proceduralnie rozdzielona od zadań związanych z zarządzaniem i kontrolą, a więc zadania te nie mogą być realizowane przez te same osoby i komórki organizacyjne.