Celem proponowanych zmian jest zapewnienie dodatkowych wpływów do Funduszu Kolejowego (FK), co pozwoli maksymalnie wykorzystać środki pochodzące z Unii Europejskiej w ramach nowej perspektywy finansowej na lata 2014-2020, a w efekcie przełoży się na realizację większej liczby inwestycji i utrzymanie infrastruktury kolejowej.
Środki Funduszu Kolejowego pochodzą m.in. z: obligacji emitowanych na rzecz funduszu przez Bank Gospodarstwa Krajowego, kredytów lub pożyczek zaciągniętych na jego rzecz przez BGK, akcji w spółkach publicznych, inwestycji środków FK w jednostki uczestnictwa funduszy rynku pieniężnego. Jednak jednym z podstawowych źródeł finansowania FK jest opłata paliwowa (podlegają jej wprowadzane na krajowy rynek paliwa silnikowe i gaz, wykorzystywane do napędu silników spalinowych). Opłata paliwowa stanowi przychód Krajowego Funduszu Drogowego i Funduszu Kolejowego: 80 proc. wpływów zasila KFD, a 20 proc. FK.
Dodatkowe środki dla Funduszu Kolejowego będą pochodzić z wpływów uzyskanych z czasowo podwyższonych stawek opłaty paliwowej. W latach 2015-2019 będą one zwiększone o 25 zł/1000 l lub 25 zł/1000 kg (w zależności od rodzaju paliwa). Jednocześnie o te same wartości zostaną obniżone stawki podatku akcyzowego od paliw silnikowych, co oznacza, że projektowana regulacja nie będzie miała wpływu na ceny paliw na stacjach benzynowych. Jednocześnie, zgodnie z nowymi przepisami, podmioty zobowiązane do zapłaty opłaty paliwowej będą musiały składać zabezpieczenie akcyzowe (będzie ono gwarantować jej zapłatę). Rozwiązanie to zminimalizuje ryzyko powstania nieściągalnych zaległości w opłacie paliwowej, co nabiera szczególnego znaczenia zwłaszcza w sytuacji wzrostu jej stawek.
W 2015 r. z Krajowego Funduszu Drogowego do Funduszu Kolejowego wpłynie 500 mln zł, bo oprócz obowiązku przekazania 400 mln zł, będą jeszcze obowiązywały przepisy o powiększeniu tego wpływu o dodatkowe 100 mln zł. W latach 2016-2019 z KFD do FK będzie wpływać corocznie 400 mln zł.