Wątpliwości powstają wówczas, gdy decyzja o warunkach zabudowy zostaje uznana za nieważną.

Główny Urząd Nadzoru Budowlanego uznał, że stwierdzenie nieważności decyzji, na podstawie której została wydana decyzja w innej sprawie, musi doprowadzić do wznowienia postępowania. Natomiast ta druga decyzja wcale nie musi zostać uznana za nieważną. Swoje stanowisko oparł na podstawie orzeczenia Sądu Najwyższego z 5 lipca 1996 r. w sprawie sygn. akt SN III ARN 21/96 OSNP 1997/3/32.

Urząd przypomniał, że decyzja o pozwoleniu na budowę opiera się na właściwie zastosowanym prawie materialnym i uwzględnia stan prawny wynikający z innej ostatecznej decyzji. Dlatego nie może być kwalifikowana jako decyzja wydana bez podstawy prawnej lub z rażącym naruszeniem prawa. Nie można stwierdzić jej nieważności tylko dlatego, że opierała się na ostatecznej decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu, którą uznano za nieważną.

Zdaniem urzędu, w takim przypadku mamy do czynienia z sytuacją, którą można rozwiązać w trybie wznowienia postępowania. Natomiast wydana wcześniej decyzja, której automatycznie nie można uznać za nieważną, obowiązuje tak długo, jak długo nie zostanie uchylona lub zmieniona na podstawie nowej decyzji. W tej sytuacji organ administracji jest związany ustaleniami decyzji o pozwoleniu na budowę aż do czasu, gdy zostanie wycofana z obiegu prawnego.