Wyprowadzenie środków europejskich poza budżet państwa może doprowadzić do poważnego zamieszania z ich wypłatą.
Nowelizacja ustawy o finansach publicznych, która zacznie obowiązywać od 1 stycznia 2010 r. zakłada rozdzielenie środków europejskich od budżetu państwa oraz zmianę podmiotu, który będzie wypłacał unijne wsparcie. Będzie to Bank Gospodarstwa Krajowego. Już wiadomo, że może dojść do opóźnień w wypłatach.
Beneficjenci nadal będą składali wniosek o wypłatę w urzędzie, z którym podpisali umowę o przyznaniu dofinansowania. Urząd poinformuje przez internet o wniosku BGK, który raz na kilkanaście dni, po otrzymaniu środków z Ministerstwa Finansów, zamierza dokonywać przelewów na konta beneficjentów.