Czystość wód w województwie pomorskim systematycznie ulega poprawie. Nadal potrzebne są duże inwestycje, szczególnie na obszarach wiejskich, by region mógł wykorzystać w pełni turystyczny potencjał.
W ostatnim dziesięcioleciu w województwie pomorskim nastąpiło najpierw istotne zmniejszenie negatywnego oddziaływania człowieka na środowisko, a potem poprawa jego stanu. Dotyczy to szczególnie kwestii związanych z czystością powietrza oraz wód ze szczególnym uwzględnieniem Bałtyku.
Jakość powietrza na przeważającej części regionu utrzymuje się poniżej dopuszczalnych norm. W niektórych miejscach zanieczyszczenia jednak utrzymują się na stałym, wysokim poziomie, a nawet wzrastają. Dotyczy to aglomeracji trójmiejskiej, powiatu kościerskiego, tczewskiego i wejherowskiego, czyli najbardziej zurbanizowanych terenów w województwie. Tereny te zostały zakwalifikowane jako strefy wymagające opracowania naprawczych programów ochrony powietrza. Głównym źródłem zanieczyszczeń jest ruch drogowy oraz spalanie węgla. Wzrasta także problem hałasu komunikacyjnego przy głównych trasach transportowych. Jest to spowodowane wzrostem natężenia ruchu samochodowego oraz wydłużeniem godzin szczytu komunikacyjnego. Szczególnie obciążone hałasem są centra miast w otoczeniu gęstej zabudowy oraz ciągi dróg krajowych.
Czystość wód w województwie ulega stałej poprawie. Szczególnie dotyczy to wód przybrzeżnych, ważnych dla regionu ze względu na ich turystyczne i rekreacyjne walory. Część powierzchniowych wód śródlądowych (wraz z Zalewem Wiślanym) wykazuje nadal niezadowalający stan czystości pod względem sanitarnym. Przyczyną są zanieczyszczenia nanoszone do tych zbiorników przez rzeki. Dotyczy to także Zatoki Gdańskiej i Puckiej, do których rzeki wnoszą duże ładunki związków biogennych.
Główną przyczyną takiego stanu rzeczy jest odprowadzanie do rzek niedostatecznie oczyszczonych ścieków wytworzonych przez przemysł, gospodarkę komunalną, zanieczyszczenia z gospodarstw wiejskich. Wzrostowi konsumpcji wody nie zawsze towarzyszy adekwatny rozwój systemów kanalizacyjnych, zakończonych odpowiednio sprawnymi oczyszczalniami ścieków.
Jeśli chodzi o gospodarstwa domowe na Pomorzu, to ponad 75 proc. z nich jest obsługiwanych przez oczyszczalnie ścieków. Wszystkie miasta województwa są skanalizowane oraz wyposażone w oczyszczalnie.
Niestety, stopień skanalizowania gmin wiejskich jest znacznie niższy. O ile odsetek ludności korzystającej z sieci wodociągowej wynosi w miastach ponad 97 proc. o tyle wskaźnik ten na obszarach wiejskich wynosi około 80 proc., a w gospodarstwach rolnych tylko ok. 70 proc. W przypadku ludności korzystającej z sieci kanalizacyjnej dysproporcja jest znacznie większa i wynosi odpowiednio 92 proc. (miasta) oraz 33 proc. (wieś).
Gospodarka odpadami komunalnymi w województwie polega głównie na ich unieszkodliwianiu poprzez składowanie, często w miejscach niedostosowanych do obowiązujących przepisów. Jest to poważne zagrożenie dla lokalnego środowiska naturalnego. Dlatego też większość składowisk w regionie wymaga dużych nakładów inwestycyjnych w celu dostosowania ich do obowiązujących norm lub też zamknięcia i rekultywacji.
Selektywne zbieranie odpadów komunalnych, wprowadzane w większości gmin województwa, nie przynosi jeszcze zadowalających efektów. Odpady wyselekcjonowane stanowią zaledwie ok. 3 proc. ogólnej masy odpadów komunalnych. Niski jest udział odpadów poddawanych recyklingowi - w ten sposób zagospodarowane jest niecałe 4 proc. odpadów komunalnych i ok. 10 proc. odpadów innych niż komunalne. Ponadto region boryka się z problemem unieszkodliwiania tej części odpadów niebezpiecznych, jakimi są odpady medyczne.
Północno-wschodnia część województwa pomorskiego wraz z Półwyspem Helskim, a także doliny rzek Przymorza narażone są na duże niebezpieczeństwo powodzi. Największe zagrożenia dla znacznych przestrzeni i grup ludności oraz możliwość dużych strat materialnych występują na Żuławach, w dolinie Wisły oraz depresyjnych obszarach Gdańska. Może tam dochodzić do kumulacji różnych przyczyn wywołujących powodzie tzw. opadowe, roztopowe, zatorowe i sztormowe.