Sieć Natura 2000 posiada solidne podstawy prawne w postaci m.in. dyrektyw unijnych. Nieprzestrzeganie ich podczas inwestowania to działanie nielegalne. Trzeba pamiętać o szczególnych procedurach inwestowania.
Można nie wiedzieć, czym są obszary objęte programem Natura 2000, a kto tak postąpi i będzie próbował zrealizować inwestycję na tego typu obszarach, szybko przekona się, ile szkody ta nieznajomość może mu przynieść.

Harmonizacja prawa

Podstawą prawną utworzenia sieci obszarów Natura 2000 jest Dyrektywa Rady 79/409/EWG z 2 kwietnia 1979 r. tzw. dyrektywa ptasia, oraz Dyrektywa Rady 92/43/EWG z 21 maja 1992 r. tzw. dyrektywa siedliskowa. Ponadto przepisy te zostały także przeniesione na grunt prawodawstwa polskiego w toku procesu harmonizacji prawa polskiego z prawem unijnym. Utworzenie tychże obszarów posiada więc solidne i trwałe podstawy prawne. Wszystkie nadużycia i wykroczenia w tym zakresie są w oczywisty sposób traktowane jako działanie nielegalne.

Zasada koordynacji

Zgodnie z unijną zasadą koordynacji wszystkie działania realizowane przy wykorzystaniu funduszy strukturalnych czy Funduszu Spójności nie mogą być sprzeczne (lub co najmniej neutralne) w stosunku do polityki realizowanej na poziomie wspólnotowym. Nie ma więc formalnego zakazu realizacji inwestycji z wykorzystaniem unijnych źródeł finansowania na obszarach Natura 2000. Znalazło to odzwierciedlenie w procedurze aplikowania o unijne wsparcie - od 2005 roku wymaganym załącznikiem do wniosku jest oświadczenie organu odpowiedzialnego za monitorowanie obszarów sieci Natura 2000 (wojewoda). Praktycznie natomiast oznacza to, iż w przypadku każdego projektu unijnego mogącego nawet potencjalnie oddziaływać na obszary Natura 2000 (niekoniecznie znajdującego się na terenie tych obszarów, jak w przypadku słynnej inwestycji w dolinie Rospudy), istnieje konieczność przeprowadzenia niezbędnych procedur.

Pozwolenia na budowę

Procedura ta obejmuje ocenę oddziaływania inwestycji na teren Natura 2000 przez organ właściwy do wydania pozwolenia na budowę, każdy inny organ wydający decyzje w sprawie uzyskania koncesji geologicznej, pozwolenia wodnoprawnego, decyzji zezwalającej na prowadzenie robót budowlanych, oceny innych rozwiązań wariantowych, a w szczególnym przypadku przeprowadzenie pełnego raportu o oddziaływaniu na środowisko czy wielu spotkań konsultacyjnych ze wszystkimi zainteresowanymi stronami. Niewykonanie któregoś z tych elementów może skutkować zatrzymaniem całego procesu inwestycyjnego. Dopiero po uzyskaniu decyzji o uwarunkowaniach środowiskowych można rozpocząć pełną procedurę związaną z uzyskiwaniem dalszych decyzji i zgód administracyjnych.
Stworzona lista obszarów w ramach Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 powinna dla potencjalnych beneficjentów funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności być kolejnym bardzo ważnym punktem w harmonogramie przygotowania projektów. Dodatkowo beneficjenci powinni wykazać się czujnością. W najbliższych dniach lista ta może być znacząco rozszerzona i nowe obszary mogą być objęte obszarami Natura 2000.