Decyzja o pozwoleniu na budowę wygasa, jeżeli inwestycja nie zostanie rozpoczęta przed upływem dwóch lat od dnia, w którym stała się ostateczna lub została przerwana na czas dłuższy niż dwa lata. Organ administracji architektoniczno-budowlanej, który w I instancji wydał decyzję o pozwoleniu na budowę, wydaje wówczas kolejną decyzję, w której stwierdza wygaśnięcie poprzedniej.

- Wygaśnięcie decyzji nie następuje więc z mocy prawa - tłumaczą eksperci Głównego Urzędu Nadzoru Budowlanego. Natomiast nowa decyzja wywołuje skutki prawne wstecz, czyli od dnia, w którym powstały przesłanki do wygaśnięcia poprzedniej decyzji o pozwoleniu na budowę.

Procedura związana z wygaśnięciem decyzji jest następująca: organ nadzoru budowlanego ustala, że zachodzą przesłanki uzasadniające wygaśnięcie decyzji o pozwoleniu na budowę. Następnie zawiadamia o tym właściwy organ administracji architektoniczno-budowlanej, który ocenia, że rzeczywiście zachodzą przesłanki uzasadniające wygaśnięcie tej decyzji.

Zdarza się, że w tym czasie organ nadzoru budowlanego prowadzi postępowanie w sprawie istotnych odstępstw jakich dopuszczono się przy budowie tej inwestycji i wówczas postępowanie to zawiesza w trybie art. 97 par. 1 pkt 4 k.p.a. Zgodnie z tym przepisem postępowanie zawieszane jest wówczas, gdy rozpatrzenie sprawy i wydanie decyzji zależy od wcześniejszego rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez inny organ lub sąd.

Natomiast organ nadzoru budowlanego powinien w razie wygaśnięcia pozwolenia na budowę prowadzone już postępowanie w sprawie istotnych odstępstw umorzyć (art. 105 par. 1 k.p.a),ponieważ stało się bezprzedmiotowe.

Gdyby w takiej sytuacji inwestor chciał rozpocząć budowę albo kontynuować przerwaną, to powinien starać się o wydanie nowej decyzji o pozwoleniu na budowę albo o pozwolenie wznowienia robót budowlanych. Nie może więc kontynuować robót po wygaśnięciu pozwolenia. Nowa decyzja powinna obejmować roboty budowlane niezbędne do dokończenia inwestycji, a wydane ponownie pozwolenie na budowę musi zatwierdzić nowy projekt budowlany, który obejmuje także tę część obiektu, która już została oddana do użytku.