Pierwszy z tych błędów to niezgodności finansowe pomiędzy wnioskiem aplikacyjnym a biznesplanem. Często budżety projektu przedstawiane w obu tych dokumentach były niezgodne, co od razu dyskwalifikowało inwestycję.

Ogromne problemy stwarza podział na koszty całkowite, kwalifikowane i niekwalifikowane projektu. Koszty całkowite to wszystkie wydatki, które przedsiębiorca musi ponieść, aby osiągnąć założone cele projektu. W skład kosztów całkowitych wchodzą koszty kwalifikowane, czyli takie, które zgodnie z wytycznymi danej instytucji wdrażającej będą mogły być w części refundowane środkami pomocy publicznej oraz wydatki niekwalifikowane, które nie są brane pod uwagę przy kalkulowaniu dotacji i w przyszłości zostaną w całości pokryte ze środków własnych firmy. Aby uniknąć błędów w tworzeniu budżetu, przedsiębiorca musi dotrzeć do zestawienia wydatków kwalifikowanych dla interesującego go działania i w szczegółowym kosztorysie swojego projektu każdy z wydatków zakwalifikować jako kwalifikowany albo niekwalifikowany. Należy również pamiętać o kwalifikowalności wydatków w czasie. Żaden z wydatków przedstawionych w tabeli kosztów kwalifikowanych nie może zostać poniesiony przed uzyskaniem od instytucji wdrażającej informacji o poprawności formalnej wniosku.

Przy zakupie gruntów trzeba zwrócić uwagę, aby taki koszt nie przekroczył 10 proc. całkowitych wydatków kwalifikowanych. W niektórych programach wprowadzono również pewne ograniczenia odnośnie do procentowego udziału innych rodzajów kosztów (np. robót budowlanych) w kosztach całkowitych inwestycji.

Po zsumowaniu wszystkich wydatków kwalifikowanych w ramach poszczególnych kategorii wydatków otrzymujemy kwotę całkowitych wydatków kwalifikowanych, która stanowi podstawę dla obliczenia wartości dofinansowania. Dotację wylicza się, mnożąc całkowite wydatki kwalifikowane przez obowiązującą w danym działaniu intensywność pomocy publicznej (wyrażoną w procentach). Jeśli w danym działaniu obowiązują również minimalne i maksymalne kwoty dotacji, należy zwrócić uwagę, czy wyliczona przez nas dotacji mieści się w tych progach.

Wniosek aplikacyjny jest najczęściej przygotowywany w specjalnej aplikacji, gdzie sumowanie różnych pozycji kosztowych oraz obliczenie wysokości dotacji wykonuje przez komputer. Jeśli jednak wniosek nie zawiera formuł, należy zwrócić szczególną uwagę na poprawność dokonywanych obliczeń, zwłaszcza gdy budżet projektu składa się z kilkudziesięciu pozycji.