Przedsiębiorcy często wysuwają wobec dostawców towarów lub usług, domagających się zapłaty wierzytelności z wystawionych faktur, roszczenia związane z nienależytym wykonaniem umowy. Dotyczy to w szczególności roszczeń o zapłatę kar umownych za opóźnienie w dostawie towaru czy oddaniu dzieła.

Naturalną pokusą zamawiającego jest wówczas uniknięcie zapłaty całości należności z faktur poprzez dokonanie kompensaty wzajemnych wierzytelności. Jednak sam fakt posiadania roszczeń wzajemnych nie zawsze pozwoli uniknąć zapłaty. Niekiedy na przeszkodzie staną przepisy prawa procesowego.

Potrącenie jest dopuszczalne, jeżeli spełnione zostaną przesłanki: jednorodzajowości świadczeń (np. pieniężnych) oraz wzajemności, wymagalności i zaskarżalności wierzytelności (art. 498 par. 1 kodeksu cywilnego). Te przesłanki będą z reguły spełnione w przypadku wzajemnych roszczeń o zapłatę należności z przeterminowanych faktur oraz kary umownej, której druga strona nie uiściła w wyznaczonym jej terminie. Potrącenia dokonuje się przez złożenie oświadczenia drugiej stronie, które ma moc wsteczną od chwili, kiedy potrącenie stało się możliwe. Konsekwencją jest umorzenie wzajemnych wierzytelności do wysokości wierzytelności niższej.

Dostawca posiadający wierzytelność o zapłatę z faktury może jednak - przedstawiając sądowi umowę, dowód spełnienia wzajemnego świadczenia niepieniężnego oraz dowód doręczenia dłużnikowi faktury lub rachunku - uzyskać nakaz zapłaty w postępowaniu nakazowym (art. 485 par. 2a k.p.c.). W tej sytuacji, zgodnie z art. 493 par. 3 k.p.c., pozwany nie będzie mógł skutecznie podnieść zarzutu potrącenia, o ile nie będzie w stanie wykazać swojej wierzytelności podobnymi dokumentami, mogącymi stanowić podstawę do wydania nakazu zapłaty. Sposobem na zminimalizowanie ryzyka braku możliwości podnoszenia zarzutu potrącenia może być złożenie oświadczenia o potrąceniu przed wytoczeniem sprawy sądowej o zapłatę faktur. Wówczas w procesie podnosi się nie tyle zarzut potrącenia, ile - wygaśnięcia wierzytelności wskutek potrącenia dokonanego przed wytoczeniem powództwa. W orzecznictwie wyrażane były w tej sprawie rozbieżne poglądy. Warto również pamiętać o ogólnym przepisie art. 479 14 par. 4 k.p.c., zgodnie z którym w postępowaniu gospodarczym do potrącenia można przedstawić tylko wierzytelności udowodnione dokumentami. Niekiedy przedsiębiorca może być zmuszony na drodze sądowej do zapłaty należności za fakturę, a zaspokojenia swojej wierzytelności będzie musiał poszukiwać w osobnym procesie przeciwko dostawcy.