Portfel obligacji często zabezpiecza się w celu uniknięcia lub minimalizacji ryzyka rynkowego. Ma to szczególne znaczenie, gdy nie zamierzamy posiadanych obligacji przetrzymywać do momentu wykupu. W nomenklaturze rynkowej zabezpieczanie nazywa się, z języka angielskiego, hedgingiem. Do hedgingu portfela dłużnego (obligacji) stosuje się różnorodne instrumenty pochodne. W praktyce szeroko stosowane są kontrakty futures, kontrakty FRA i swapy na stopę procentową, czyli IRS-y. Zwróćmy uwagę na zabezpieczanie portfela przed ryzykiem stóp procentowych za pomocą kontraktów terminowych futures.
Zabezpieczanie futuresami polega na przyjęciu w kontraktach futures pozycji odwrotnej do pozycji w obligacjach. Chcąc zabezpieczać pozycję w obligacjach kontraktami futures, najpierw należy znaleźć obligacyjne kontrakty futures jak najsilniej skorelowane z ruchami cen posiadanych w portfelu obligacji. Jeśli posiadamy obligacje (czyli mamy pozycję długą w obligacjach), to powinniśmy wystawić (sprzedać) kontrakty futures (czyli mieć pozycję krótką we futures). I na odwrót, jeśli posiadamy pozycję krótką w papierze (obligacji), to powinniśmy zbudować pozycję długą w kontraktach futures. Mechanizm zabezpieczający polega na tym, że jeśli posiadamy pozycję długą w obligacjach i jednocześnie krótką w futures, to jeśli w przyszłości cena posiadanych obligacji spadnie (czyli stracimy na obligacjach), to zyskamy na kontraktach futures, które pozwolą nam minimalizować stratę.
Sytuacja idealna to taka, gdy przy użyciu futures zabezpieczamy instrument bazowy (daną serię obligacji), na które futures są wystawione. Dlatego należy znaleźć takie kontrakty futures, których ceny zachowują się podobnie do cen instrumentu zabezpieczanego, czyli w naszym przypadku obligacji. W rzeczywistości zabezpiecza się poszczególne grupy obligacji, w zależności od zapadalności papierów z danej grupy. Innymi słowy, jeśli posiadamy obligacje o terminie wykupu za 10 lat, to zabezpieczamy je kontraktami futures wystawionymi na papier o podobnym okresie zapadalności.
Chcąc fachowo zabezpieczać portfel obligacji, należy mieć pełny dostęp do informacji o kontraktach futures, godzinach pracy giełd, historycznych i aktualnych notowaniach i wielu innych ważnych szczegółach. Wymagania te powodują, że poprawną strategię zabezpieczania zdolni są realizować inwestorzy instytucjonalni.