Posiadanie obligacji pozwala na uzyskanie określonej stopy zwrotu przy określonym ryzyku. Z obligacji można czerpać trzy rodzaje zysków: odsetki kuponowe, zyski kapitałowe oraz dochód z reinwestycji odsetek. Te trzy źródła dochodu mogą być w różny sposób zagrożone. Zagrożenie to nazywa się ryzykiem. Wyróżniamy kilka rodzajów ryzyka związanego z obligacjami: ryzyko kredytowe (bankructwa, niewypłacalności emitenta), ryzyko polityczne, ryzyko inflacji, ryzyko stopy procentowej, ryzyko reinwestowania. Obligacje w walutach obcych obciążone są ryzykiem walutowym.

Ryzyko polityczne związane jest z kierunkiem prowadzonej przez państwo polityki i jej konsekwencjami.Ryzyko inflacji często nazywa się ryzykiem siły nabywczej. Rosnąca inflacja powoduje, że przepływy pieniężne generowane przez obligację mają mniejszą wartość.

Ryzyko stopy procentowej jest konsekwencją ryzyka inflacji. W przypadku zmian stóp procentowych zmieniają się (w przeciwnym kierunku) ceny obligacji. Gdy stopy zostają podwyższone, ceny obligacji spadają, a gdy istnieje konieczność wcześniejszej sprzedaży obligacji, ponosi się stratę.

Ryzyko reinwestowania związane jest z niepewnością co do stopy procentowej, po jakiej będą inwestowane odsetki z obligacji. Inwestor może być zmuszony do lokowania strumieni pieniężnych z obligacji po stopie niższej od stopy zwrotu danej w momencie inwestowania w daną obligację.

Ryzyko walutowe powiązane jest z papierami denominowanymi w walutach obcych. Istnieje tu niebezpieczeństwo, że przy aprecjacji kursu walutowego inwestor posiadający instrument denominowany w walucie obcej straci.

Ryzyko wcześniejszego wykupu związane jest z opcjami wbudowanymi w niektóre obligacje. Opcja call daje emitentowi prawo wcześniejszego wykupu długu zgodnie z warunkami zawartymi w liście emisyjnym.

Ryzyko kredytowe spowodowane jest niepewnością co do przyszłej kondycji finansowej, a więc zdolności do terminowego regulowania, lub regulowania w ogóle, zobowiązań przez emitenta.

Wszystkie wskazane rodzaje ryzyka powinny być brane pod uwagę przez inwestora tworzącego portfel. Przed zainwestowaniem w określone obligacje winien on zdawać sobie sprawę nie tylko z potencjalnego zysku, ale zwłaszcza ryzyka.