Za nowelizacją głosowało 251 posłów, przeciw było 153, a 6 wstrzymało się od głosu. Był to poselski projekt nowelizacji. W trakcie głosowania posłowie odrzucili większość poprawek PiS i Lewicy, m.in. wykreślających zapis o audycie oraz poprawkę przewidującą utrzymanie dotychczasowej struktury Izby.

Najwięcej kontrowersji budziła sprawa audytu zewnętrznego, planowanego co najmniej raz na trzy lata. "Dlaczego ustawodawcy chcą wprowadzenia audytu zewnętrznego do instytucji, która w swoim celu ma kontrolować nas wszystkich?" - pytała Zdzisława Janowska (SdPl). Arkadiusz Czartoryski (PiS) mówił, że "przyjęcie audytu w NIK oznacza ryzyko wejścia w posiadanie tajemnicy kontrolerskiej przez zewnętrzną firmę prywatną".

Sprawozdawca komisji kontroli państwowej Mirosław Sekuła (PO) uspokajał, że "firma zewnętrzna miałaby kontrolować NIK tylko w zakresie finansowym, nie w zakresie kontrolnym".

"Jakie gwarancje daje ustawodawca, że ci, którzy przyjdą wykonywać audyt zewnętrzny, nie będą kontrolować osób lub instytucji, które wcześniej były negatywnie ocenione przez NIK?" - pytała Janowska. "NIK ma ograniczony zakres kontrolowania podmiotów prywatnych, może je kontrolować tylko w tym zakresie, w jakim korzystają ze środków publicznych. W związku z tym niebezpieczeństwo, że audyt zewnętrzny będzie wykonywany przez prywatną firmę, która wcześniej była kontrolowana przez NIK, jest bardzo niewielki, wręcz znikomy" - odpowiadał Sekuła.

Zdaniem prezesa NIK Jacka Jezierskiego wprowadzone przepisy oznaczają, że audytor będzie mógł zażądać wglądu w dokumenty dotyczące np. kontroli offsetu F-16, bezpieczeństwa energetycznego, obronności czy bezpieczeństwa wewnętrznego. "Przepis jest źle sformułowany i nie gwarantuje precyzyjnie, że audytorowi zewnętrznemu nie wolno będzie pod żadnym pozorem sprawdzać procesu kontrolnego" - powiedział Jezierski.

Nowelizacja ustala liczbę wiceprezesów na trzech. Posłowie odrzucili zapis, zgodnie z którym w przypadku niepowołania przez trzy miesiące wiceprezesa, o którego powołanie wnioskował prezes NIK, marszałek Sejmu miałby możliwość powołania wiceprezesa bez konsultacji z szefem NIK. Usunięto też zapis, przewidujący udział przedstawicieli marszałka Sejmu w komisjach konkursowych, wyłaniających dyrektorów i wicedyrektorów NIK.

Nowelizacja wprowadza 5-letnią kadencyjność dyrektorów i wicedyrektorów NIK, jednak ten przepis ma obowiązywać dopiero od roku 2013. Zastępuje też dwa dokumenty pokontrolne (protokół i wystąpienie pokontrolne) - jednym wystąpieniem pokontrolnym. Posłowie odrzucili poprawki, przewidujące utrzymanie dwóch dokumentów pokontrolnych.

Teraz nowelizacja trafi do Senatu.