W realizację programów operacyjnych na lata 2007–2013 będą zaangażowane instytucje zarządzające, pośredniczące oraz wdrażające. Cały proces będzie koordynowało Ministerstwo Rozwoju Regionalnego. Planujemy, że w cały system zaangażowane będą 123 instytucje, o 30 mniej niż w latach 2004–2006.
Janusz Mikuła wiceminister rozwoju regionalnego Ministerstwo Rozwoju Regionalnego odpowiada za przygotowanie, organizację oraz nadzór nad funkcjonowaniem systemu realizacji Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia. Właściwa koordynacja będzie zapewniona między innymi dzięki umiejscowieniu wszystkich instytucji zarządzających programami krajowymi w jednym miejscu. W przypadku programów regionalnych MRR odpowiada jedynie za ich weryfikację pod względem zgodności z NSRO, negocjacje z Komisją Europejską, a także monitorowanie efektów wdrażania RPO w regionach. Zarządzanie programami regionalnymi będzie należało do samorządów województw. Na poziomie regionów będziemy mieć zatem 16 instytucji zarządzających, umiejscowionych w urzędach marszałkowskich. To oznacza, że w perspektywie finansowej 2007-2013 będzie funkcjonowało w sumie 21 instytucji zarządzających. Do ich zadań będzie należało m.in. zapewnienie zgodności wyboru projektów z zasadami wspólnotowymi i krajowymi, wybór projektów, które objęte będą dofinansowaniem oraz kontakty z KE. Instytucje zarządzające mogą przekazać część swoich zadań instytucjom pośredniczącym. Warto jednak zaznaczyć, że delegowane są jedynie funkcje, natomiast odpowiedzialność za realizację nadal ponosi instytucja zarządzająca. W programach krajowych planujemy wyodrębnienie 32 instytucji pośredniczących. Jeśli chodzi o regionalne programy operacyjne, województwa: mazowieckie, podlaskie, świętokrzyskie, zachodniopomorskie, nie planują angażować żadnych zewnętrznych podmiotów do wdrażania funduszy. W pozostałych regionach większość zadań będzie realizowanych w urzędach marszałkowskich. W realizację priorytetów środowiskowych cztery województwa planują zaangażować Wojewódzkie Fundusze Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, natomiast osiem regionów zadania związane z realizacją priorytetu kierującego wsparcie dla przedsiębiorców planuje powierzyć instytucjom spoza sektora finansów publicznych. W okresie programowania 2007–2013 – ze względu na większą ilość środków unijnych do wykorzystania oraz większą liczbę beneficjentów – przewidujemy zaangażować we wdrażanie więcej instytucji wdrażających (pośredniczących II stopnia). Docelowo planujemy utworzenie 56 takich instytucji. Będą one odpowiedzialne za obsługę beneficjentów, ocenę wniosków o płatność czy nadzór nad realizacją pojedynczych projektów. Zarówno instytucje zarządzające, jak i pośredniczące muszą należeć do sektora finansów publicznych, ale w przypadku instytucji wdrażających mogą to być także jednostki spoza tego sektora. Wszystkie instytucje uczestniczące w realizacji programów muszą uzyskać certyfikat zgodności z wymogami unijnymi. Tego wymagają wspólnotowe przepisy. W połowie 2007 roku rozpocznie się audyt instytucji. Jego wyniki muszą być przedstawione Komisji Europejskiej w ciągu 12 miesięcy od momentu akceptacji programu przez Komisję. Na osiągnięcie pełnej gotowości mamy czas do połowy 2008 roku.