Jeśli uzasadnienie odmowy przyznania wsparcia nie przekonuje wnioskodawcy, może on złożyć odwołanie.

Na możliwość złożenia pisemnego protestu oraz wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy (zgodnie z ustawą o zasadach prowadzenia polityki rozwoju), mogą liczyć wnioskodawcy starający się o dotacje unijne z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności. Pierwszym etapem w procedurze odwoławczej jest protest, który składa się w terminie 14 dni od dnia otrzymania pisemnej informacji odmawiającej przyznania dotacji. Pisemny protest wraz z uzasadnieniem należy, co do zasady, złożyć do instytucji, która wcześniej dokonała oceny wniosku (co dotyczy programów krajowych, takich jak Innowacyjna Gospodarka, Infrastruktura i Środowisko czy też Kapitał Ludzki) lub do właściwego urzędu wojewódzkiego (w przypadku programów regionalnych). Jeśli rozpatrzenie protestu nie uwzględnia racji wnioskodawcy - może on skierować wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy, który w większości przypadków będzie rozpatrywany przez ministra ds. rozwoju regionalnego. Instytucje odpowiedzialne za rozpatrzenie protestu czy też wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy powinny w terminie jednego miesiąca poinformować wnioskodawcę o swojej decyzji. Jeśli będzie ona dla beneficjenta pomyślna, projekt zostanie ponownie oceniony i być może, tym razem, zarekomendowany do otrzymania dotacji. Warto przy tym pamiętać, że ustawa, w zakresie postępowania ubiegania się o środki unijne, wyłącza możliwość stosowania przepisów dotyczących postępowania sądowo-administracyjnego, co w praktyce oznacza, że w razie negatywnego rozstrzygnięcia wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy - procedura wyboru projektu zostaje zakończona, a beneficjentowi nie przysługuje prawo złożenia skargi do sądu administracyjnego.
Europejski Fundusz Rolny na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich finansuje działania wpisane do Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich, co ma szczególne znaczenie dla przedsiębiorców-przetwórców. Gdy przedsiębiorca zostanie poinformowany o odmowie przyznania pomocy, może wnieść skargę do sądu administracyjnego.
W porównaniu z poprzednią perspektywą finansową - gdzie kwestie odwołań kształtowała nie zawsze spójna, dokonywana często ad hoc praktyka - to duży krok naprzód. Beneficjenci mają jasno wskazaną drogę dochodzenia swoich praw, która wynika wprost z ustawy, nie zaś z wytycznych, których charakter prawny budził wątpliwości.
Monika Najgebauer-Słomka
specjalista ds. funduszy europejskich Centrum Obsługi Średnich i Dużych Przedsiębiorstw, Fortis Bank Polska