W sposób odmienny niż w przypadku krajowego połączenia art. 5164 par. 1 kodeksu spółek handlowych uregulował kwestię warunków ogłoszenia planu połączenia. O ile w pierwszym przypadku plan połączenia należy ogłosić nie później niż na sześć tygodni przed dniem powzięcia pierwszej uchwały w sprawie połączenia, o tyle w razie połączenia transgranicznego spółka powinna ogłosić plan nie później niż na miesiąc przed datą zgromadzenia wspólników lub walnego zgromadzenia tej spółki, na którym ma być podjęta uchwała o połączeniu.

W procedurze połączenia transgranicznego wyłączony został, na mocy art. 51616 k.s.h., uproszczony tryb łączenia. Stosowany jest on w razie łączenia się spółek z o.o., których wspólnikami są wyłącznie osoby fizyczne w liczbie nieprzekraczającej we wszystkich łączących się spółkach dziesięciu osób. Umożliwia odformalizowanie procedury w zakresie wymogu ogłoszenie planu połączenia, konieczności badania planu przez biegłego oraz wymogu zawiadomienia przez zarząd wspólników o zamiarze połączenia, pod warunkiem że w terminie miesiąca od dnia zgłoszenia planu połączenia do sądu rejestrowego żaden wspólnik nie zgłosi sprzeciwu spółce. Można z powodzeniem stwierdzić, że i tak tryb ten nie znalazłby zastosowania, albowiem połączenia transgraniczne obejmują spółki o zdecydowanie silniejszym i rozbudowanym potencjalne udziałowym.

W odmienny sposób uregulowano w razie połączenia transgranicznego instytucję wykupienia udziałów i akcji przez spółkę przejmującą. Wspólnik spółki krajowej może żądać odkupu jego udziałów lub akcji, tylko wówczas gdy głosował przeciwko uchwale o połączeniu i zażądał zaprotokołowania sprzeciwu. Natomiast spółką przejmującą lub spółką nowo zawiązaną jest spółka zagraniczna. Żądanie odkupu należy zgłosić na piśmie, w terminie dziesięciu dni od dnia podjęcia uchwały o połączeniu. Do żądania odkupu należy dołączyć dokument akcji.

Szczególną regulacją połączenia transgranicznego objęto również prawo wystąpienia o uchylenie lub stwierdzenie nieważności uchwały. Przyjęte w art. 51617 k.s.h. rozwiązanie wyklucza po dniu połączenia możliwość uchylenia albo stwierdzenie nieważności uchwały o połączeniu. Co więcej, regulacja cytowanego przepisu wyłączyła możliwość wytoczenia po dniu połączenia powództwa o uchylenie albo o stwierdzenie nieważności uchwały przeciwko spółce przejmującej albo spółce nowo zawiązanej, jak też możliwość wydania przez sąd rejestrowy orzeczenia o rozwiązaniu wpisanej do rejestru spółki kapitałowej w razie zaistnienia przesłanek opisanych w art. 21 k.s.h. Po dniu połączenia postępowanie w przedmiocie zaskarżenia uchwały o połączeniu umarza się.