W 2009 roku w rafinerii pracowało prawie 3 tys. osób, w ubiegłym roku - niemal o tysiąc mniej. Problemem dla Orlen Lietuva są wysokie stawki za transport kolejowy produktów rafinerii w Możejkach. Są one prawie o 30 proc. wyższe niż te, które Koleje Litewskie stosują wobec konkurentów Orlen Lietuva z Białorusi.
PKN Orlen przyznał, że w ostatnim okresie ze względu na pogorszenie sytuacji makroekonomicznej przerób w rafinerii na Litwie ograniczono do minimum, czyli do 60 proc. mocy produkcyjnych. W 2013 r. Orlen Lietuva zanotował stratę w wysokości ponad 94 mln USD.
PKN Orlen przejął w 2006 roku większościowy pakiet udziałów rafinerii w Możejkach, a obecnie jest właścicielem 100 procent Orlen Lietuva - jedynej rafinerii ropy naftowej w krajach bałtyckich.