Wiedza o tym, o jakie środki unijne można się ubiegać, to dopiero początek trudnej drogi po unijne pieniądze. Przedsiębiorca, zainteresowany wsparciem z UE najpierw powinien złożyć wniosek o dotacje, a po podpisaniu umowy o dofinansowanie projektu realizować inwestycje.
Środki unijne przyznawane są na konkretne cele oraz obszary wsparcia. Dlatego ważne jest, aby firma zidentyfikowała cel, jakiemu ma służyć inwestycja, oraz dziedzinę, której dotyczy (np. ochrona środowiska, poprawa warunków edukacji, rozwój przedsiębiorstwa czy szkolenie danej grupy osób). Za różne dziedziny wsparcia odpowiadają różne programy -firma musi znaleźć więc program, za pośrednictwem którego dofinansowane są projekty, jak ten, który chce zrealizować.

Oś priorytetowa

Każdy program składa się z osi priorytetowych (lub priorytetów), których cele są bardziej zawężone niż programu, natomiast każda oś priorytetowa zawiera jedno lub więcej działań (w niektórych programach nazewnictwo jest nieco odmienne). W ramach działań występują czasami także poddziałania czy schematy. Aby ustalić, do którego konkursu złożyć wniosek o dotacje, przedsiębiorca powinien określić tę najmniejszą jednostkę, której cel odpowiada celowi jego projektu (może to być np. działanie, poddziałanie, schemat, obszar wsparcia). Przygotowanie całej dokumentacji aplikacyjnej i złożenie jej w terminie nie gwarantuje jeszcze przyznania środków. Wniosek o dotacje zostanie dokładnie sprawdzony i dopiero po jego firma dowie się, czy otrzyma wnioskowane wsparcie. Najpierw wniosek przejdzie przez etap oceny formalnej. Zostanie on zweryfikowany pod kątem obowiązkowych kryteriów formalnych. Potem zostanie poddany ocenie merytorycznej.

Lista rankingowa

Jeśli wniosek o dofinansowanie spełni wymagane kryteria formalne, czeka go jeszcze ocena merytoryczna. Na tym etapie sprawdzana będzie treść projektu i to, w jakim stopniu realizuje on cele wskazane przez program, z którego środki chcesz pozyskać. W trybie konkursowym ocenione merytorycznie projekty są ze sobą porównywane pod względem zdobytych punktów. Wtedy tworzona jest lista rankingowa, a dofinansowanie otrzymują najlepsze projekty.
Kluczowym momentem dla projektu jest podpisanie umowy o przyznaniu dotacji z instytucją, która będzie przekazywać wsparcie z UE. Dopiero wtedy przedsiębiorca może mieć pewność, że środki finansowe zostały dla niego zarezerwowane.
Umowa o dofinansowanie opisuje dokładnie zobowiązania i uprawnienia beneficjenta oraz zawiera dokładny harmonogram realizacji projektu i jego budżet. Zawiera ona również informacje na temat szczegółów rozliczania czy promocji projektu oraz metody postępowania w sytuacjach, gdy dokładne wykonanie umowy stanie się niemożliwe.
Przedmiotem umowy jest realizacja zaproponowanego przez firmę projektu, tak jak został on opisany we wniosku o dofinansowanie. Wniosek jest załącznikiem do umowy o dofinansowanie, a wszelkie ewentualne zmiany w nim będą wymagały zatwierdzenia przez właściwą instytucję oraz będą wymagały podpisania aneksu do umowy.
Dotacja może być odebrana, jeżeli przedsiębiorca realizuje projekt niezgodnie z założeniami, które opisał we wniosku o wsparcie lub jeśli nie osiągnął on zamierzonego celu (np. nie zakupił konkretnych maszyn, o których pisał we wniosku lub też czy nie zatrudnił wymaganej liczby osób).

Zwrot dotacji

Przedsiębiorca musi zwrócić całość lub część dotacji, jeżeli wykorzysta ją niezgodnie z przeznaczeniem, z naruszeniem procedur lub zostanie ona pobrana nienależnie lub w nadmiernej wysokości. Jeżeli w trakcie realizacji projektu zauważy, że inwestycja mocno odbiega od zamierzeń, powinien jak najszybciej poinformować o tym instytucję, z którą zawarł umowę o dofinansowanie. Umowę można zmienić poprzez aneks. Zazwyczaj urzędy wyrażają na to zgodę, ale są przypadki, gdy ich odpowiedź jest odmowna. Jest tak na przykład w sytuacjach, gdy zmiany w sposób istotny zmieniają przedmiot projektu. W takich sytuacjach często lepszym wyjściem jest rezygnacja z unijnej dotacji.
Realizację projektu należy w odpowiedni sposób zabezpieczyć. Zabezpieczenia mają zapobiegać nieuczciwemu wykorzystaniu środków unijnych. W zależności od wartości dofinansowania przyznanego w umowie o dofinansowanie zabezpieczeniem może być np.: weksel in blanco wraz z deklaracją wekslową, cesja praw z polisy ubezpieczeniowej, przewłaszczenie rzeczy ruchomych na zabezpieczenie, hipoteka, poręczenie bankowe, gwarancja bankowa, zastaw rejestrowy. Niewniesienie wymaganego zabezpieczenia w określonym terminie stanowi podstawę do niewypłacenia dofinansowania, a nawet do rozwiązania umowy.