W lipcu 2009 r. prezes UOKiK Małgorzata Krasnodębska-Tomkiel stwierdziła, że spółka PKP Cargo dyskryminowała niektórych swoich kontrahentów. "PKP Cargo jest silnym dominantem na rynku przewozów towarowych w Polsce i za granicą. Spółka oferuje swoim kontrahentom dwa rodzaje umów.

Są to tzw. umowy na zasadach ogólnych, które są adresowane do wszystkich potencjalnych kontrahentów firmy, jak i umowy na zasadach szczególnych, które są adresowane przede wszystkim do stałych kontrahentów, takich którzy na bieżąco z tą firmą współpracują" - tłumaczyła wówczas Krasnodębska-Tomkiel.

UOKiK ustalił, że umowy na zasadach szczególnych były bardziej atrakcyjne z uwagi na oferowane upusty. W konsekwencji zawierając umowę specjalną kontrahent płacił dużo niższą cenę niż w przypadku zawarcia umowy na zasadach ogólnych. PKP Cargo miała uniemożliwiać zawieranie umów specjalnych kontrahentom, których uznała za swoich konkurentów.

Przewoźnik odwołał się od tej decyzji, ale w maju 2011 r. Sąd Ochrony Konkurencji i Konsumentów potwierdził ustalenia urzędu. 20 marca 2012 r. sąd apelacyjny oddalił w całości apelację PKP Cargo. "W uzasadnieniu wyroku sąd stwierdził m.in., że działania spółki prowadziły do naruszenia konkurencji i uniemożliwiały rozwój rynku przewozów kolejowych. Ponadto utrzymana została kara finansowa nałożona na spółkę" - poinformowała rzeczniczka.

Rzecznik PKP Cargo Piotr Apanowicz poinformował PAP, że spółka nie otrzymała jeszcze pisemnego uzasadnienia wyroku, dlatego odniesie się do tego rozstrzygnięcia dopiero, gdy je dostanie.