Podstawę ustalenia wysokości odszkodowania za wywłaszczone nieruchomości stanowi wartość rynkowa nieruchomości. Zgodnie z ustawą uprawniony rzeczoznawca majątkowy sporządza na piśmie opinię o wartości nieruchomości w formie operatu szacunkowego. Wartość rynkową nieruchomości stanowi najbardziej prawdopodobna jej cena, możliwa do uzyskania na rynku. Określana ona jest z uwzględnieniem cen transakcyjnych. Natomiast wartość odtworzeniowa nieruchomości jest równa kosztom jej odtworzenia, z uwzględnieniem stopnia zużycia.

Sposoby określania wartości nieruchomości, stanowiące podejścia do ich wyceny, są uzależnione od przyjętych rodzajów czynników wpływających na wartość nieruchomości. Wyceny nieruchomości dokonuje się przy zastosowaniu podejść: porównawczego, dochodowego lub kosztowego, albo mieszanego, zawierającego elementy podejść poprzednich.

Przy zastosowaniu podejścia porównawczego lub dochodowego określa się wartość rynkową nieruchomości. Jeżeli istniejące uwarunkowania nie pozwalają na zastosowanie podejścia porównawczego lub dochodowego, wartość rynkową nieruchomości określa się w podejściu mieszanym. Przy zastosowaniu podejścia kosztowego określa się wartość odtworzeniową nieruchomości.

Podejście porównawcze polega na określeniu wartości nieruchomości przy założeniu, że wartość ta odpowiada cenom, jakie uzyskano za nieruchomości podobne, które były przedmiotem obrotu rynkowego. Ceny te koryguje się ze względu na cechy różniące nieruchomości podobne od nieruchomości wycenianej oraz uwzględnia się zmiany poziomu cen wskutek upływu czasu.Podejście to stosuje się, jeżeli są znane ceny i cechy nieruchomości podobnych do nieruchomości wycenianej. Podejście dochodowe polega na określaniu wartości nieruchomości przy założeniu, że jej nabywca zapłaci za nią cenę, której wysokość uzależni od przewidywanego dochodu, jaki uzyska z nieruchomości. Stosuje się je przy wycenie nieruchomości przynoszących lub mogących przynosić dochód. Podejście kosztowe polega na określaniu wartości nieruchomości przy założeniu, że wartość ta odpowiada kosztom jej odtworzenia, pomniejszonym o wartość zużycia nieruchomości. Przy podejściu tym określa się oddzielnie koszt nabycia gruntu i koszt odtworzenia jego części składowych.

Wyboru właściwego podejścia oraz metody i techniki szacowania nieruchomości dokonuje rzeczoznawca majątkowy, uwzględniając w szczególności cel wyceny, rodzaj i położenie nieruchomości, przeznaczenie w planie miejscowym, stopień wyposażenia w urządzenia infrastruktury technicznej, stan jej zagospodarowania oraz dostępne dane o cenach, dochodach i cechach nieruchomości podobnych.

Należy pamiętać, że dla oceny prawidłowości operatu szacunkowego istotne znaczenie ma treść Powszechnych Krajowych Standardów Wyceny opracowywanych przez Polską Federację Stowarzyszeń Rzeczoznawców Majątkowych. Poszczególne Krajowe Standardy Wyceny nie mają przy tym charakteru normatywnego, a zatem w żadnym razie nie modyfikują przepisów powszechnie obowiązujących, jednakże są traktowane jako wyznacznik prawidłowości sporządzenia operatu pod kątem merytorycznym.

W kontekście standardów, którym powinien odpowiadać operat szacunkowy, warto wskazać w szczególności na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 lutego 2008 r. (sygn. akt II OSK 2016/06), w którym NSA wskazał, że operat szacunkowy powinien zawierać dane niezbędne dla oceny jego rzetelności i jednocześnie podawać okoliczności konieczne dla oceny adekwatności operatu do okoliczności danej sprawy.