Funkcjonowanie EUWT jest finansowane przez instytucje powołujące to ugrupowanie. Koszt założenia ugrupowania i prowadzenia jego bieżącej działalności pokrywany jest ze środków własnych, przykładowo ze składek członkowskich. W zależności od prowadzonej działalności ugrupowanie ma możliwość uzyskania środków z budżetu UE (na przykład w ramach danego programu Europejskiej Współpracy Terytorialnej), po spełnieniu koniecznych warunków.

EUWT muszą ubiegać się o środki tak jak inni beneficjenci realizujący projekty w ramach programów finansowanych ze środków UE. Fakt utworzenia EUWT nie oznacza, że ugrupowanie otrzyma środki z budżetu UE automatycznie. Ugrupowanie współpracy zarządza samodzielnie swoim budżetem, co pozwala ugrupowaniu na zatrudnianie pracowników i nabywanie mienia ruchomego i nieruchomego.

EUWT posiada zdolność prawną i zdolność do czynności prawnych o najszerszym zakresie przyznawanym osobom prawnym na mocy prawa krajowego państwa członkowskiego, w którym ugrupowanie ma siedzibę. Dzięki temu EUWT może działać jako niezależny podmiot, posiadać własny budżet, nabywać lub zbywać mienie ruchome i nieruchome, zatrudniać pracowników i występować jako strona w postępowaniu sądowym.

EUWT nie tworzy dodatkowego poziomu administracyjnego, członkowie ugrupowania nie przenoszą na nie żadnych kompetencji. Utworzenie EUWT związane jest z realizacją konkretnych zadań. Współpracujący partnerzy pochodzący z różnych państw członkowskich o odmiennych systemach prawnych jako członkowie EUWT mogą przyjąć wspólne rozwiązania prawne potrzebne w celu realizacji celów ich ugrupowania.

Finansowanie EUWT ze składek członkowskich nie jest wymagane, jednakże zaleca się wprowadzenie składek, gdyż dzięki nim zagwarantowane jest zaangażowanie wszystkich członków w działalność ugrupowania, wzmocnione jest również poczucie odpowiedzialności za założone EUWT. Nie jest wymagane, aby wszyscy członkowie partycypowali w kosztach działalności EUWT, dzięki czemu mniejsze organizacje, takie jak stowarzyszenia czy organizacje pozarządowe, mogą przystąpić do ugrupowania. Dopuszczalny jest wkład mający inny charakter, na przykład udostępnienie pomieszczeń biurowych lub wyposażenia. Przykładowe modele partycypowania członków w finansowaniu ugrupowania:

●  jednakowe składki dla wszystkich członków,

●  wkład finansowy obliczony proporcjonalnie do liczby ludności zamieszkującej terytorium danego członka EUWT.

Okres finansowania EUWT kończy się wraz z rozwiązaniem ugrupowania. W momencie rozwiązania EUWT własność nabyta przez ugrupowanie powinna zostać sprzedana lub podzielona pomiędzy jego członków. Środki z budżetu EUWT powinny zostać wykorzystane na pokrycie końcowych wydatków. Niewydane w ten sposób środki zostają podzielone pomiędzy członków. Podstawą ich podziału jest porozumienie zawarte pomiędzy członkami EUWT (na podstawie odpowiedzi na interpelację nr 9512).