Główne zagadnienie związane z utworzeniem stanowiska pełnomocnika do spraw rozwoju energetyki jądrowej to kwestia sposobu przydzielenia mu określonych kompetencji. Na gruncie obowiązującego ustawodawstwa pełnomocnik taki może zostać powołany zarówno jako pełnomocnik całej Rady Ministrów, jak i jako pełnomocnik wyłącznie ministra właściwego do spraw gospodarki.

W myśl art. 10 ustawy z 8 sierpnia 1998 r. o Radzie Ministrów (t.j. Dz.U. z 2003 r. nr 24, poz. 199) Rada Ministrów może ustanowić pełnomocnika rządu do określonych spraw, których przekazanie członkom Rady Ministrów nie jest celowe. Tak ogólne określenie przesłanek powołania pełnomocnika rządu nie wskazuje ani celu jego ustanowienia, ani funkcji, jaka ma być przez niego pełniona. Ustanowienie pełnomocnika dokonywane jest w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, w którym określa się zakres przekazanych pełnomocnikowi zadań. Powołanie zaś pełnomocnika, czyli dokonanie obsady personalnej utworzonego stanowiska, następuje w drodze zarządzenia prezesa Rady Ministrów.

Natomiast zgodnie z art. 9 ust. 1 ustawy z 4 września 1997 r. o działach administracji rządowej (Dz.U. z 1997 r. nr 141, poz. 943) zagadnienia związane z energetyką państwa leżą w kompetencji ministra właściwego do spraw gospodarki. Tak więc zamieszczenie w rozporządzeniu Rady Ministrów o ustanowieniu pełnomocnika rządu do spraw rozwoju energetyki jądrowej zadań leżących w zakresie kompetencji ministra właściwego do spraw gospodarki będzie skutkowało ich zdublowaniem i spowoduje powstanie sporu kompetencyjnego. Ponadto zgodnie z ostatnimi informacjami w Ministerstwie Gospodarki ma zostać powołany oddzielny departament do spraw energii atomowej. Zgodnie ze stanowiskiem doktryny enigmatyczna regulacja prawna zastosowana przez ustawodawcę w art. 10 ustawy o Radzie Ministrów wskazuje na fakt, iż pełnomocnik rządu powinien być powoływany do wykonywania zadań mających charakter doraźny lub przejściowy, a ich przekazywanie członkowi Rady Ministrów jest niecelowe. Niewątpliwie energetyki jądrowej nie można uznać za tego typu zagadnienie.

Niewłaściwe jest zatem, aby pełnomocnik do spraw energetyki jądrowej był powoływany przez prezesa Rady Ministrów. Powinien on zostać powołany przez ministra gospodarki jako wykonujący część ustawowych kompetencji przysługujących ministrowi. W przeciwnym razie naruszony zostanie rozdział kompetencji pomiędzy prezesem Rady Ministrów a ministrem właściwym do spraw gospodarki. W sposób jednoznacznie krytyczny należy ocenić sytuację niepowołania dotychczas pełnomocnika do spraw energetyki jądrowej, zwłaszcza w obliczu rosnącego zapotrzebowania Polski na energię atomową. Obowiązek powołania takiego pełnomocnika spoczywa niewątpliwie na ministrze gospodarki.