Trzeba pamiętać, że przy rozłożeniu na raty należności należy uiścić opłatę prolongacyjną.

Wniosek w sprawie rozłożenia na raty, odroczenia terminu płatności lub umorzenia opłaty legislacyjnej składa się do wojewody. Natomiast odwołania od decyzji wojewody m.in. w sprawie odmowy umorzenia opłaty rozpoznaje minister finansów.

W związku z wątpliwościami, które wynikły przy obliczaniu wysokości i płatnościach opłaty legalizacyjnej, Główny Urząd Nadzoru Budowlanego wyjaśnił, że zobowiązany wywiąże się z nałożonych na niego obowiązków dopiero wówczas, gdy zapłaci ostatnią ratę i uiści opłatę prolongacyjną. Opłata jest naliczana w przypadku odroczenia terminu jej płatności lub rozłożenia na raty zapłaty.

Nie nalicza się odsetek za zwłokę wówczas, gdy wniosek od zainteresowanego wpłynął przed upływem terminu płatności. Gdyby zaś opłata nie została zapłacona w terminie, to organ nadzoru budowlanego musi wydać decyzje o nakazie rozbiórki. Gdyby ktoś nie uiścił opłaty po wydaniu decyzji odmawiającej odroczenia lub rozłożenia na raty, wydaje się nakaz rozbiórki, ale nie powstaje zaległość podatkowa.